作为种业企业，研发育种能力是核心竞争力。但不论在科研投入总额上，还是在研发投入占比上，中外之间的差距都明显过大。
统计数据显示，2010~2011年度世界种业十强的研发投入总额为44.78亿美元，占同期销售额的比例为18.7%，其中前五强达到41.51亿美元，研发比高达20.2%。近年，荷兰瑞克斯旺、安莎等蔬菜种子公司的研发投入占比，甚至达到25%~30%。
至于国内，大多数种企以产、销为主，在研发方面，存在只买不研的情况，具有自主研发能力的企业占比很少，很大一部分品种需要依靠科研单位。
曾经的中国种业第一股——丰乐种业，目前来看，以种业和农化为主的战略目标较为清晰。据其2012年年报，种子和农化是主要盈利来源，分占总收入的37.48%、31.57%。此外，丰乐种业还有部分旅游、酒店和房地产业务。
1998年，公司成立丰乐农科院，下设品种研究所。从2010年到2012年，丰乐种业的研发投入资金逐年增加，超过6400万，研发投入占比也在增加，不过仍然维持在3.5%以下。
自从2008年确立“聚焦种业”的中期产业发展战略后，隆平高科围绕杂交水稻、杂交玉米等核心种子产业，开始进行产业布局。
2012年，隆平高科的研发投入达到8834万，相比上一年增幅达到13.83%。研发投入金额占净资产、营业收入的比例维持在5.2%上下。
具体来说，一方面，隆平高科的杂交水稻、杂交玉米的总销量逆市稳步增长，总销量再次超过5000万公斤，主要子公司隆平种业、安徽隆平和亚华种子销售收入同比增长34.79%;净利润同比增长27.90%。
另一方面，非种业方面，隆平高科延伸产业亏损进一步加大，新疆红安、隆平蔬菜、明月山隆平、隆康农资、隆平米业全年亏损1246.85万元，同比亏损增加864.18万元。
拥有国内最大的玉米育种科研平台的登海种业，其自有品种掖单系列创造了玉米高产纪录，成功推广数千万亩，市场占有率一度达到43%。
年报数据显示，从2010~2012年，登海种业每年投入接近3000万的研发资金，总体看来呈现增长态势。但是，研发支出占营业收入的比例、研发支出占净资产的比例呈现下降趋势。即使在两个比例最高的2010年，也仅有2.94%、2.12%。
同为上市公司的万向德农则仍需要通过获取品种经营权来实现种子的生产销售。2012年，万向德农在研发投入只有781.03万元，占公司总收入的 1.18%，同比减少0.90%。
除了上市公司以外，青岛农业大学教授程斐对《第一财经日报》记者表示，其他公司的创新有些则缺乏可持续性，只是在其他具有知识产权的品种基础上进行阶段性创新，经过3~5年品种被淘汰后，缺乏后续的研发品种支撑。
佟屏亚说，国内80%~90%种子企业没有育种队伍，产生“品种饥渴症”。真正具有很强育种能力的上市公司，包括科研机构仍然不多。
要想获取良种，通常制种企业有两种方式，一是自行研发，二是通过向科研机构购买品种经营权获得。前者虽然享有自主知识产权，但是时间周期长，成本高。佟屏亚举例到，选育出一个省级区域品种，从设计、选育、繁种到推广要10~12年，而育出“国字号”品种则需15年。随着生物技术进步，育种年限缩短，但育种费用却明显增加。
也就意味着，规模小、实力弱、缺乏竞争力的现实，使得多数种企为了生存只能选择后一种。但需要说明的是，对知识产权的保护不足，使得“偷种”普遍存在，这成为某些经营者快速满足市场需求的手段。佟屏亚表示，目前种子市场约有70%是套牌种子。这主要在于对知识产权的保护不足，使得“偷种”普遍存在，甚至有人戏称“想要盗取一个新品种，一个玉米棒子的数量都不用”。
