种子“假冒伪劣”的“劣”指的是质量低劣，芽率、水分、纯度、净度不合格的都是劣质种子；“假”分为几种情况，一类是种子类别的冒名顶替或用不是种子的东西当种子，例如用普通粮食当粮食种子出售的；另一类就是套牌侵权的种子，“套牌”种子是困扰种子市场许久的痼疾，是假种子中危害最大也是最难查处的，而且现在愈发严重。
“一个玉米品种从开始培育之日算起，经过数代育种、品种审定、试种、市场推广、销售，平均需要15年才能收回成本。”河南秋乐种业科技股份有限公司总经理李继军告诉记者，“美国先锋公司选育的玉米杂交种先玉335是由敦煌种业先锋良种有限公司独家生产加工销售的，2008年在吉林省就卖出了2400万斤，市场占有率接近90%，到了2013年销售量只剩10%了，其他都是‘类先玉335’，也就是套牌种子。”
什么是“套牌种子”？原来的假种子大都以次充好，把销量不好、表现一般的种子套上高产、高质种子的包装来欺骗农民。但是如今的假种子以好充次也能谋取利益，不法分子通过非法途径收购或生产了市场上的畅销种子A，将它们装进自己公司通过审定的、具有合法市场准入资格但销量不好的种子B的包装袋内，再通过小范围的宣传、试种、免费发放等市场推广手段，逐渐使自己的B种子占有市场。这种以好充次的行为，虽然短期内对粮农没有构成直接危害，但是对育种团队、新品种培育单位却造成了致命的打击，严重侵犯了品种权，使育种人蒙受巨大损失，从长远来看最终受害的还是产业和农民。
种子从培育阶段开始，经过推广、制种、运输、销售等环节走进田间地头，每一个环节都有被侵权的危险。在育种阶段一旦亲本及培育方式外流，很容易被不法商贩利用，而且在研发后期和申请品种保护期间出现侵权纠纷调解、维权难度很大，大部分都是在品种审定和申请品种保护后追偿。所以，在育种期和品种申请、品种保护申请期内一定要防止种子扩散、外泄，育种公司不可贪图眼前小利。
在企业获得品种权后依然存在侵权的可能，种子经过几代繁育之后可能会出现变异，这时的性状同品种审定时已经大不相同了，这时还按照原本的产品品种进行包装就属于“改良型侵权”，其危害最大。
