伴随着种业“侵权容易维权难”的现象，近年来种子行业越来越热，投资越来越大，已经出现了一些加工厂和加工设备的浪费。业内人事认为种子行业出现了投资过剩的苗头。李继军说：“就现在中资企业的加工能力来看，不再进行投资的话，我国的种子加工能力已经足够了。2013年我国玉米种子总产量43到46亿斤，需求量也就20亿斤，一年生产的够两年用。水稻种子的供应量也超过了70%。”市场供应过剩，也导致了侵权等恶性竞争行为的出现。
“套牌”大多是小企业或个体户的行为，很多“三无”企业“打一枪换一个地方”，让种子维权执法困难重重。2014年农业部在冬季种子企业监督抽查工作中给出了一个重点抽查企业名单，记者跟随河南督导组抽查时发现，重点抽查企业中60%并没有登记在案，属于“三无”企业或“皮包公司”，要从根本上解决假种子问题还要加强制种基地查处，基地和市场两端联动，相互配合，才能起到更好的效果。
很多制种公司在制种基地采用“亩包产制”，这一制度深受农民欢迎，“亩包产制”也就是“包产制”，企业和农民签订合同制定亩产底线，并以一个固定的价格收购田地产出的全部种子。2013年一亩甘肃玉米种田的平均包产价格在2500元到2600元左右，合同签订的最低产量一般在900斤左右，而实际产量可能达到1000斤或1100斤。很多农民往往只把合同中签订的900斤种子交给公司，另外200斤种子则低价卖给了“三无”企业或“皮包公司”。很大一部分的“套牌”种子就是这样流入市场的。
在运输途中，未经加工包装的种子和粮食是很难区分的，不法分子把种子当做散粮运输，这样一来“套牌”种子很轻易的就从制种地流入了用种地。“假种子就像洪水，一旦上游流出来了，下游再想堵住就难上加难了。我们这些用种大省种子管理局‘按图索骥’追查假种子和‘套牌’种子，最后基本都追到种子原产地了。”
