针对野败杂交稻对品种资源利用率太低、两系法杂交稻生产风险大的技术缺陷，1989年王乃元的研究团队开题研究，1993年提出新的植物雄性不育遗传假说，经过探索，从福建野生稻中找到了一种新的不育细胞质和恢复基因。
2007年起在国家863计划专项和福建省科技计划资助下，对该杂交稻进行了系统研究，获国家发明专利两项，并建立了新质源杂交稻育种技术体系，解决了野败杂交稻资源利用率严重不足的技术缺陷，将该野生稻不育的细胞质与恢复基因导入栽培稻，成功地开发出一种新型雄性不育细胞质源杂交稻—新质源杂交稻，并建立了该杂交稻的育种技术体系。
王乃元说，新质源杂交稻将保持系的资源利用率从20%提高至56%，恢复系资源利用率从19.1%提高至98%以上，突破了野败杂交稻资源利用率极低的技术瓶颈。由于这一突破，使得该杂交稻在继承了野败杂交稻一切优点的基础上，配组杂交稻组合的成功率因此大大提高，育种效率可望成倍性提高，这是新质源杂交稻明显优于野败杂交稻的根本原因。
利用该技术，福建农林大学已育成多个新型杂交稻品种。其中“金农2优3号”于2010年通过福建省审定，该品种在福建省区域试验中比对照品种汕优63增产9.025%，生产试验比汕优63增产16.49%，稻米品质达到农业部优质米标准，直链淀粉含量15.7%，使得稻米口感更好，中感稻瘟病，综合技术指标达到福建省10年审定水稻品种的最好水平。“金农3优3号”于2012年通过福建省审定，是福建省首个通过审定的优质红米杂交稻组合，具有广阔的市场应用前景。
王乃元说，新质源杂交稻是一种全新的育种技术平台，利用这一技术平台可高效开发出新的杂交稻品种组合，有望推动杂交稻育种与生产走出多年徘徊局面。新质源杂交稻的推广和应用可丰富杂交稻品种的遗传多样性，增强其抗病、抗虫和抵御各种自然灾害的能力，从而降低生产的风险及生产成本，使杂交稻组合配组成功率提高数倍，大幅度提高育种效率。充分利用现有品种的遗传资源和优良基因，使杂交稻在产量、品质、抗性等方面有一个质的飞跃，促进我国杂交稻生产朝高产、优质、高效和环保的方向良性发展。
