2014年种子生产基地专项检查的主要内容有：
制种企业资质检查。检查制种企业证照是否齐全、资质是否符合要求，是否具有品种权许可或制种委托手续，质量控制体系及生产档案是否健全。
企业生产情况核查。核查企业生产的品种、地点与许可证注明项目是否一致，制种面积与生产信息报送情况是否一致，是否存在无证生产、租借许可证生产等行为。
制种田品种真实性抽检。各地要主动搜集违法违规制种的线索，结合历年基地、市场、企业检查情况，对群众反映侵权生产问题突出的地块、问题企业的基地进行重点检查，并抽取制种田生产品种的杂交穗，进行品种真实性检测。
加工调运环节检查。在种子加工环节，抽取种子样品进行品种真实性检测。在种子调运季节，检查调运种子的生产许可、去向和数量。
本次行动的组织方式为：
采取有关省（区、市）自查和农业部抽查相结合的方式。农业部要求各有关省（区、市）对本辖区杂交玉米、杂交稻制种基地组织开展拉网式检查。
农业部将在各地自查的基础上，结合各方面举报线索，对江苏、湖北、甘肃、新疆等省（区）和新疆生产建设兵团的制种基地进行重点检查，并对种业全程可追溯试点企业基地信息追溯情况进行检查。农业部近期将组织11个检查组赴重点地区进行监督检查。检查分组及分工等具体安排由农业部种子管理局另行通知。
品种真实性检测采用SSR分子标记方法，检测对照采用农业部收集的品种标准样品。抽查的杂交玉米、杂交稻种子样品的真实性检测分别由北京玉米种子检测中心、农业部农作物种子质量监督检验测试中心（深圳）承担。省级抽查样品的真实性检测，有检测能力的自行检测，无检测能力的可从农业部考核合格种子检验机构中，选取合适单位开展检测。
农业部要求本次专项检查工作做到：
确保取得实效。各有关省（区、市）种子管理机构要对本辖区种子生产情况进行核实，并列出生产单位、生产品种、生产地点、面积及联系方式清单，分级组织逐一核查。要广泛发动维权企业举报无证、侵权生产等违法线索，并进行重点检查跟踪。品种真实性抽检应覆盖辖区制种面积的30%以上、制种企业数量的40%以上。
严格规范程序。农业部在2014年种子生产基地专项检查行动的通知中强调，检查和检验人员要严格执行规定程序，规范做好抽样、记录及取证等各项工作。抽样时务必要求企业如实提供、并确认生产品种的真实名称。要规范完整填写抽样单等信息，妥善留存相关凭证证据，拍照或复印留存制种合同等凭证证据，认真履行样品确认、结果通知等程序，确保形成完整证据链。发现存在无证生产、制种企业不配合检查或抽样等行为的，检查人员应当书面说明情况，由当地种子管理机构加盖公章予以确认，同时通知当地农业行政主管部门调查处理。在行动中要严格执行中央八项规定要求，做到公正规范、廉洁自律、不徇私情。
依法从严查处。《通知》着重指出，有关省（区、市）农业行政主管部门对专项检查行动发现的无证生产、品种套牌侵权等违法行为要逐一立案，每案必查，查必彻底。要按照《农业行政处罚案件信息公开办法》要求，及时公开案件查处信息。要充分利用新闻媒体，加大典型案件曝光力度，继续营造种子打假高压氛围。各部门需将案件查处结果连同行动总结于11月底前报送农业部种子管理局。
