《意见》指出，支持农民合作社开展无公害农产品、绿色食品、有机农产品及地理标志农产品“三品一标”认证，鼓励农民合作社注册商标;扶持农民合作社开展“农社对接”、“农批对接”、“农超对接”、“农企对接”和“农校对接”，进行冷链系统和加工能力建设。对开展产品认证、产地认定、商标注册、冷链系统和加工能力建设的合作社给予优先扶持。大力推进电子商务应用，促进农产品网上销售，指导农民合作社利用信息服务平台及时了解市场信息，发布本社产品生产和服务信息，提升农民合作社信息化建设水平。到2016年，每个县至少扶持建成20个信息基础设备、销售能力和服务方式比较完善的合作社。
《意见》指出，工商部门要按照程序规范、简便易行的要求，创新服务方式，开展申请、受理、审批一站式服务，及时办理农民合作社设立、变更等手续。准许以土地承包经营权入股等各种股份合作形式登记成立农民合作社;准许农民以实物、知识产权、土地承包经营权、林权等向农民合作社作价出资。加快制定完善农民合作社联合社登记管理办法。
