经过多年发展，目前全国农垦种业在产业规模、市场占有率等方面已具备了一定基础。良种生产基地发展稳定。2013年，全国农垦良种基地繁育各类农作物种子468万亩，生产种子178.4万吨，销售商品种子167.8万吨，农垦粮食作物种子商品量占全国商品种子比重达到33.94%。杂交玉米和杂交水稻制种面积大幅增加。2013年，农垦两杂制种面积达到104.8万亩，成为我国两杂种子不可或缺的重要制种基地和生产商。品种创新能力显著增强。2013年，农垦系统共有农作物育种研发机构53个，育种团队116个，2011年至2012年，全国农垦新育成农作物品种159个。此外，全国农垦有192家种子产加销企业，340个新品种试验站，8477个种子经营网点;涌现出以北大荒[0.42% 资金 研报]垦丰、江苏大华、安徽皖垦等为代表的农垦知名种业企业;农垦种业发展还具有集中连片的土地优势，新疆、黑龙江等部分垦区和农场成为国家级种子生产基地。
为抢占种业制高点，农业部农垦局将本着企业主体、政府引导、竞合共赢、逐步实施的原则，运用市场化手段，以企业化、集团化、股份化为发展方向，加强垦区间种企合作，促进资源优化整合，以现有商品种子量5万吨以上的12个垦区为主体，以280个万亩以上的粮食种子生产农场为基地，实施农垦种业联盟联合联营战略。经过几年努力，打造国际一流种业企业，提升农垦种业话语权、市场掌控力和竞争力。
