记者了解到，传统的种子销售模式是种子经销商在村镇集市上开设实体的种子商店供农民购买。近两年，不少种子企业陆续推出直销业务，同时还能在上门推销的同时对农民进行种植技术培训。另外，随着互联网在农村逐渐普及，越来越多的农民开始在网上直接购买种子。
而面对日益多元的种子销售方式，农作物种子监管部门原有的监管模式显得愈发难以适应。
吉林省种子总站站长丁万志告诉记者，目前种子站执法人员主要还是在种子购买高峰期前往实体种子商店进行检查，检查的主要内容侧重于假冒伪劣产品、三无产品，以及核查销售发票是否与实际销售相一致。基层的监管单位不具备转基因检测的技术力量，需送交农业部指定的具备资质的专门单位进行检测。
对于那些直销给农民的种子，监管更加难上加难。丁万志透露，这些流动销售车往往行踪不定，凭执法部门有限的力量不可能实时监控他们的行踪。虽然种子执法部门也组织入户倒查，但是无法覆盖到全部农户。
“生产‘套牌’种子确实属于不正当竞争行为，我们必须对其进行严厉打击。”丁万志对记者说，“但是由于种子执法部门力量有限，加之‘套牌’种子可回溯性不强，我们目前主要侧重于打击坑农、害农的‘套牌’种子，而对于那些套用其他高性能种子以提高品牌影响力的侵权行为则居其次。”
到目前为止，在我国合法商业化种植的转基因作物除转基因抗虫棉外，还有一些蔬菜、瓜果、树木的部分转基因品种是允许种植的，如甜椒、耐储藏西红柿、番木瓜、矮牵牛等。对于水稻、玉米等主粮作物的科研试验性种植，国家则进行了严格的限制。然而面对监管日益困难的种子市场，转基因种子是否可能“混入”并扩散的忧虑也绝非杞人忧天。
一旦有不法企业或是出于希望凭借“套牌”转基因作物种子打造品牌影响力，亦或出于其他目的将转基因水稻、玉米等国家尚未批准商业化种植的高性能种子“套牌”到其品牌种子产品中，加之以直销、网销的渠道进入农民手中，则很难被人们识别和监管。
中国农业大学人文与发展学院科学技术管理系教授李建军对此深表担忧。他认为，作为农业大国，我国种子企业数量庞大、层次不齐，在规范经营方面确实有监管难度，但这并不意味着放松监管。
为了防止转基因农作物种子借“套牌”种子的渠道非法流入种植户手中，李建军建议政府农业监管部门除了加强市场检查、检测和监管外，还应该加强对转基因种子生产源头及相关检测机构的管理和试验流程进行审核和监管，并对责任者实现严格问责制度。同时，应该完善相关企业在种子流通环节的可追溯体系以保证种子交易的质量。种子监管部门更应该与时俱进，不断适应对多种种子销售渠道监管的新要求
