此外，全国共有粮食生产合作社5.59万个，入社社员513万人；经营耕地7218万亩，占全国耕地总量的4.0%；这些粮食生产合作社粮食产量971亿斤、占全国粮食总产量的8.2%。
农业部种植业司有关负责人介绍说，这是农业部第一次在全国范围内大规模开展种粮大户和粮食生产合作社的摸底调查，根据南北农业资源的差异，将种粮大户的标准确定为南方经营耕地面积50亩以上、北方100亩以上。调查显示，我国粮食生产的组织化、规模化、专业化水平正在不断提升，种粮大户粮食平均亩产486公斤，粮食生产合作社平均亩产545公斤，分别高出全国平均水平133公斤和192公斤。
调查显示，种粮大户和粮食生产合作社在蓬勃发展的同时，仍面临流转土地稳定性差、基础设施较差、投入风险增大、扶持政策较少等困难。据介绍，目前土地流转期限普遍较短，以三五年居多，甚至一年一租。如湖南省60%以上的种粮大户土地流转期限是1—2年，20%的流转期限为3—5年。而且不少土地流转采用的是口头协议，即使签订合同也存在手续不规范、条款不完备等问题，导致纠纷不断。流转费用也不稳定。目前，全国土地流转费用亩均455元，而2009年仅为259元，年均增幅接近20%。过高、过快上涨的土地流转费，让很多种粮大户“望地兴叹”，有些大户因为无法接受农民的高报价而放弃租地。
此外，大户和合作社规模生产，虽然增加了种粮规模效益，但随着规模的扩大，也相应增加了经营风险。如农田设施条件差，很多耕地旱不能浇、涝不能排，机耕道不畅通、用电线路老化，难以实现集中连片、大规模机械化作业。烘晒仓储设施差，种粮大户和合作社粮食种植面积大、产粮多，一季少的几万斤，多的几十万斤、上百万斤。由于缺乏晾晒场地、烘干设备和仓储设施，粮食收获后往往因急于销售被压价收购，有的甚至遇阴雨天霉变，影响种粮收益。
与规模扩大相对应，种粮大户和粮食生产合作社的投入风险也在增大。租地费用高、雇工成本高、农机投入和作业成本高等都困扰着种粮大户。农户反映，春耕、“三夏”、“三秋”时节，每天100元还雇不上工。由于耕地面积较大，种粮大户的农事生产主要靠农机来完成，农机具购买和作业成本大幅增加，每亩费用超过90元。与此同时，相应的针对种粮大户的扶持政策还不完善，如金融贷款难、农保覆盖面不全等，一旦遭遇自然灾害造成粮食生产亏损，很可能使种粮大户倾家荡产。
