适时脱粒收获留种用的种子田，应在蜡熟末期至完熟期集中机械收获。可先用收割机收获一小部分，然后放仓(防止别人家的小麦种子残留在仓库底部)，接着再收获的可留作种用，这样就避免了机械混杂。
单独晾晒小麦收获后，首先要扬净，并且随即摊开晾晒。选择晴朗天气，先把晒场地扫干净晒热，再将小麦种子均匀摊在晒场上，在烈日下进行暴晒，每1小时翻动一次，晒到下午6点左右即可收摊，这样持续3天左右，即可入库。不同品种之间要相对隔离，最好做到一场一种，严防晾晒过程中的混杂。
科学贮藏麦种贮藏方法有多种，可采用瓮、粮仓、编织袋等多种方法贮存。采用瓮贮存时，把瓮装满麦种后在表面覆盖约20厘米厚的干燥草火灰，然后加盖封闭。也可用尼龙编织袋贮藏，将装满小麦种子的尼龙编织袋子堆在通风干燥处，并且离开墙壁一定距离，做好防鼠、防虫、防潮工作。
