在农业市场化、国际化和现代化的新背景下，如何解决小农户的家庭经营与大市场的矛盾，既发挥家庭经营的优越性，又使之符合现代农业的发展要求，农户家庭经营能不能成为现代农业的经营主体，如何成为现代农业的经营主体，如何使农业具有竞争力，如何使农业劳动者能够致富，如何确保农产品的质量安全……这些问题的解决都有赖于农村基本经营制度的完善与创新。我们认为，走中国特色农业现代化道路，必须把全面推进农业经营体制创新作为加快农业发展方式转变的首要任务。其核心是要正确处理好稳定农村基本经营制度与创新农业经营体制的关系，必须按照邓小平同志关于农业“两个飞跃”的论断和十七届三中全会关于农业经营体制“两个转变”的要求，以扬弃的哲学思想和集成创新的改革思路，对农业双层经营、农业产业化经营、农民专业合作经营和农业社会化服务进行优化重组和扬利抑弊，在坚持农业家庭承包经营这一农村基本经营制度长久不变的基础上，加快推进农业双层经营体制的创新，构建集约化的家庭生产经营与产业化的合作服务经营相结合的新型农业双层经营体制。
一、农村基本经营制度是在实践中不断创新和完善的
回顾三十多年的改革历程，农村基本经营制度和农业生产经营方式并非一成不变，而是在不断地创新和完善的。为适应农村经济社会发展的新变化、农业生产力发展的新要求，中央坚持尊重农民的首创精神和党的群众路线，及时总结农村基层的新创造，顺势而为，大胆创新，连续实施了延长家庭承包期、推动农业产业化经营、加快农民专业合作社的发展和完善农业社会化服务体系等一系列重大政策举措，不断地完善农村基本经营制度。
坚持延长农地承包期，稳定家庭联产承包经营。党的十一届三中全会以来，以实行家庭联产承包责任制为开端的农村改革，废除了人民公社体制，建立了以家庭承包经营为基础，集体统一服务相结合的农业双层经营体制。一方面，把农户家庭确立为农业生产的基本经营单位，赋予了农户家庭生产经营自主权和独立的市场主体地位；另一方面，实现了村社集体经济形式和职能的转换，从农业生产和分配的主体转变为统一服务的提供者。农业基本经营制度的改革，革除了生产大呼隆、分配大锅饭、财产大合并的弊病，极大地激发了农民的生产积极性，解放和发展了农业生产力，直接带来了中国农业的持续快速发展。在这期间，中央针对农民担心家庭承包期短，害怕政策多变的问题，相继开展了两轮农村土地延包工作，制订颁布了《农村土地承包法》，把承包期限从15年不变延长到30年不变，并在十七届三中全会决定中确定为长久不变；同时，针对劳动力转移和农户转产转业日益增多的情况，出台了允许土地承包经营权自愿、依法、有偿流转，促进农业适度规模经营的政策，并在《农村土地承包法》中做了明确规定，使这一基本经营制度适应农业现代化发展的要求。
产业化经营迅速兴起，有力推进农业市场化。农业产业化经营起源于上世纪90年代初山东潍坊的市场化改革与发展实践。当时是为了解决农业双层经营体制中村级集体统一经营服务能力薄弱而出现的创新实践，其目的是要由产业化龙头企业来承担农户家庭经营产前和产后服务，解决分散的小农户与大市场之间的矛盾，提高农业的产业效益和市场化发展水平。1993年农业产业化经营首次出现在当地政府文件中，1995年得到中央肯定，农业产业化发展经验在全国迅速推广，“龙头企业+农户”的农业产业化经营模式成为带领农户进入市场的主要形式，龙头企业也成为国家政策扶持发展的重点对象，并较好地发挥了小农户与大市场之间桥梁的作用，也促进了农产品加工业的快速发展。而在龙头企业与农户如何建立紧密的利益连结机制问题上，各地虽都进行了探索，却始终没有找到特别有效的解决办法。
专业合作社蓬勃发展，提高农民组织化水平。上世纪90年代以来，随着农业市场化、专业化和产业化的发展，针对龙头企业与农户之间存在的利益关系不紧密、权利不对称等问题，一些地方的农业专业大户开始以组建农民专业合作社的形式联合进行生产、加工和流通，成为提高农民组织化水平和产业化水平的一条新路径。2005年，浙江率先制定了我国第一个农民专业合作组织的地方法规《浙江省农民专业合作社条例》，中央给予了充分肯定，2007年《农民专业合作社法》正式实施，全国农民专业合作社发展走上了规范化、法制化的轨道。截至2012年底，全国经工商注册登记的农民专业合作社已经达到52.17万家，入社农户4100万户，占全国农户总数的16.4%。农民合作组织在增强农村经营体制的活力，推动农业现代化发展中发挥着日益重要的作用。
从总体上看，农村改革35年以来，以家庭经营为基础的农村基本经营制度，总体的政策制度是基本稳定的，而具体的形式又是在实践中不断创新发展的，正是这种与时俱进的实践创新和中央政策的及时调整完善，才使得农村基本经营制度显示出持续的活力和稳定性，体现了在创新中稳定、在稳定中创新的辩证规律。
二、全面认识农业生产经营体制面临的问题与挑战
从课题组最近对各地调查研究的情况来看，当前农业生产经营体制还存在着许多与现代农业发展不相适应的问题，面临着严峻的挑战。具体需要从农户家庭经营、村社集体经营、产业化龙头企业和农民专业合作社等四个层次各自存在的问题与缺陷来深入分析。
从农户家庭经营层次来看，既存在着必须长期稳定家庭经营在农业生产中主体地位的问题，又存在着如何尽快改变农业家庭经营副业化、规模细小化、劳力老龄化、经营粗放化和提高农业劳动生产率等问题。由于农村劳动力向二三产业的大规模转移是以青壮年劳动力的离农为主要特征的，带有明显的自发性、盲动性和不彻底性，我国虽然已经转移出了2亿多的农民工，但没有完全市民化，导致土地流转率很低（全国仅10%左右），农地承包户至今还有2亿多。这种数量庞大、规模细小、年龄老化的家庭经营与现代农业发展的要求很不适应，在提高农业劳动生产率和农业经济效益方面难以有大作为，是农产品产销大起大落和价格频繁波动，以及农产品质量安全难以控制的基础性原因，这也导致在社会上出现家庭经营难以成为现代农业经营主体的观点，于是出现了有的地方政府鼓励工商企业、社会资本大规模圈地，搞公司化大农业的倾向，诱发了家庭经营的“主体”危机。
