《畜禽养殖污染防治条例(征求意见稿)》共六章三十六条，分别从立法目的、政府职责、监管体制、禁养区、限养区、养猪场建设要求、配套环保设施、排污要求以及拆迁补偿等各个方面做了详细规定。
为加强对特殊区域的环境保护，征求意见稿第10条、第11条规定，在饮用水水源保护区、风景名胜区等4类区域禁止建设畜禽养殖场、养殖小区。地方政府可以根据实际需要，划定本地区的畜禽养殖品种、规模、总量等限制养殖区域。
为尽量降低养殖成本，促进养殖业健康发展，征求意见稿第12条规定，新改扩建畜禽养殖场、养殖小区要依法进行环境影响评价，评价文件要包括废弃物综合利用方案和措施，同时授权环保部和农业部确定需要进行评价的养殖场、养殖小区的范围和规模。
针对养殖场比较关心的拆迁补偿问题，征求意见稿第25条规定，因畜牧业发展规划、城乡规划调整以及划定禁止养殖区域、限制养殖区域，或者因畜禽散养密集区域整治，确需关闭或者搬迁现有畜禽养殖场所，致使畜禽养殖者遭受经济损失的，由地方人民政府予以补偿。
征求意见稿还以专章形式规定了激励措施，包括：对污染治理设施给予资金支持；生产、运输、销售、使用畜禽养殖废弃物有机肥产品，购置、使用废弃物收集、处理、利用设备的税收优惠政策；利用畜禽养殖废弃物生产有机肥、发电、制取沼气等的价格优惠政策等。
征求意见稿明确，对于标准化养殖场、养殖小区支出的建设项目环评收费，由各级地方政府给予补助。对在达标排放基础上自愿进一步消减排污量的养殖场、养殖小区，由县、乡政府给予奖励，并优先列入畜禽养殖发展相关资金扶持范围。
对可能发生的各种违法行为，征求意见稿规定了相应的法律责任。有关单位和各界人士可以在2012年8月6日前，通过以下三种方式提出意见：（一）登录中国政府法制信息网，通过网站首页左侧的《法规规章草案意见征集系统》，对征求意见稿提出意见。（二）通过信函方式将意见寄至：北京市2067信箱（邮政编码：100035），并在信封上注明“畜禽养殖污染防治条例征求意见”字样。（三）通过电子邮件方式将意见发送至xqyz@chinalaw.gov.cn。
