我国农药总体存在生产技术水平落后、研发能力薄弱、侵犯知识产权现象普遍存在、市场竞争秩序混乱、农药生产和使用过程中环境污染严重等问题，制约着农药行业的可持续发展，也对我国的食品安全和环境保护构成了威胁。
我国农药行业存在的问题，总体可以总结为如下几点：
一、农药产品结构有待调节
从出口品类来看，杀菌剂仍是我国农药行业的薄弱环节。
二、农药行业存在环保方面的巨大压力
环保问题依然是制约行业发展的一大门槛。农药生产、废弃物处理一直是困扰企业的难题，草甘膦、双甘膦环保核查令市场强烈波动，应该进一步引起企业对环保问题的重视。
三、产品同质化现象严重，热门产品产能过剩
特别是比较新的品种，一哄而上的现象依然存在，如嘧菌酯登记企业超过40家，噻虫嗪登记企业超过20家。
