政府采购农药给农民带来了显而易见的实惠，在降低成本、减量用药、提高用药安全、避免使用中毒及确保农产品质量安全等方面起到了很好的效果，同时也开辟了一条农药企业销售的新途径。但不容忽视的是，政府采购在各地具体的操作实施过程中难免有不尽如人意的地方，出现的一些问题值得思考和进一步完善。
江苏安邦电化有限公司的“吡蚜酮”在各地政府采购中频频中标，该公司副总经理刘家华表示，从2009年开始，安邦电化就开始参与政府招标采购，今年的政府采购额达2000万元，中标政府采购对品牌建设带来的好处比较大。但他也表示，政府采购对当地经销商的影响比较大，对原有的农药市场秩序形成了一定的冲击，而且在很多县市，都是最低价竞标，政府采购的报价接近厂家的成本价，这几年这一情况比较突出。一些企业也反映，部分县市政府采购以价格来取胜，低价竞争不利于企业的后续发展。
在各地农药政府采购实施过程中，一些地方招标力度加大后，很多经销商不敢进货了。农民知道政府要招标采购，等着发药，有时候等药发下来，已经错过了用药最佳时期。而病虫害防治对时间要求比较高，如果时间推迟几天，防治效果可能就差很多。
黑龙江富尊农业综合服务连锁有限公司董事长李广仁认为，把政府采购这项惠民政策用好，一是要做好顶层设计，二是要加强过程管理。“政府采购是由农业部门操作，那下游的工作谁来做？个别地方补贴发放到基层部门后，招标也做了，药也采购了，但存在发放不到位的问题。而病虫害防治要求的时间非常强，错过了一两天，病虫危害就已经发生了。所以过程怎么运作？由谁来完成？怎么做好管理？都需要通盘考虑好。”
