测土配方施肥是一种科学的施肥技术，主要原理是土壤缺啥补啥、缺多少补多少，而化肥用量的增减主要取决于土壤养分状况和作物产量水平，测土配方施肥并不意味着化肥施肥总量的必然减少，关键是施用要合理。对于不同区域、不同作物、不同地块和不同目标产量，从不合理施肥到科学施肥，施肥量有增有减。近年来，通过对农户施肥情况调查发现，我国东南沿海地区施肥数量总体偏大，西部地区施肥数量总体偏少；蔬菜、果树、甘蔗等作物施肥量较高，大豆、水稻、小麦、玉米等作物施肥量较低；中低产田比高标准农田需肥量要多些。根据测土配方施肥成果，施肥过量的地区、作物和地块需要减施化肥，而施肥量不足的则要增施化肥，总体上判断全国化肥施用总量增长的势头还是得到了一定遏制。近年来我国化肥施用总量增加的原因，主要有以下几个方面：
一是农产品产出总量增加，作物需肥量随之增加。2005-2010年，我国粮食连年增产，产量增加了0.8亿吨，蔬菜产量增加了1亿吨，水果增加了6060万吨。按照单位产量养分吸收量计算，增产这些粮食、蔬菜和水果需要氮、磷、钾纯养分580万吨；如果养分全部由化肥提供，按照目前我国化肥氮、磷、钾利用率计算，则需要增加化肥用量1940万吨。蔬菜、果树等园艺作物的快速发展，化肥需求量也随之增加。据测算，我国9亿亩经济、园艺作物与16.5亿亩粮食作物的化肥施用总量几乎各占一半。此外，化肥不仅在粮、棉、油、糖、果、菜、茶等作物上广泛应用，还应用在园林、渔业等行业中。
二是我国基础地力不高，对化肥依赖性较大。“农业以土而立”，但我国耕地土壤却在逐步退化。有农民形象地说：“现在的土地‘饭量’大、能吃化肥，喂不饱不长庄稼。”同时，随着城市化发展，耕地“占优补劣”现象突出。非农建设占用的耕地大多是质量高、基础设施好的良田沃土，而补充的耕地大多由荒坡地、沿海滩涂、废弃砖窑、工业矿场等开发、复垦、整理而来的劣质低产田，限制因素较多。“十一五”期间，我国新开垦耕地2152万亩，这些耕地比被占用的耕地普遍低1-2个等级，不多投入肥料，产量就上不去。
三是农田有机肥投入不足，养分难以循环利用。重化肥、轻有机肥是化肥用量不断增长的一个重要原因。人畜粪尿和作物秸秆还田能实现有机资源的循环利用，可节约大量化肥投入。然而，随着城镇化发展，种植业和养殖业分离，有机肥脱离了农田，利用率较低。据统计，我国有机肥资源约7700万吨，而实际还田利用的不足2000万吨，其中粪便养分还田率只有一半，秸秆养分直接还田率在35%左右。这些有机养分来源于土壤而没有归还给土壤，只能靠化学肥料来补充。在我国粮食生产中，化肥养分投入占90%左右，有机肥养分投入只占10%，而欧美国家有机肥养分投入达到了50%。
