生态农业的核心是利用可持续发展思想、循环经济理论与产业链延伸的理念，通过农业技术创新和组织方式的变革，调整和优化农业生态系统内部机构及产业结构，延长产业链条，提高农业系统物质能量的多级循环利用，严格控制外部有害物质的投入和农业废弃物的产生，最大限度地减轻环境污染和生态破坏，实现生态的良性循环与农村地区的和谐发展。
从目前我国农业生态资源与环境承载能力来看，保障农产品供给和改善农业生态环境，是必须兼顾的两个目标。
发展生态农业必须实现和满足“六个必须”，把握好“四个注重”。“六个必须”：一是发展生态农业必须满足保障国家粮食安全的根本需要。二是发展生态农业必须适应“四个同步”新阶段的发展要求。三是发展生态农业必须树立“资源环境有价”的理念。四是发展生态农业必须适应人多地少、资源刚性约束的基本国情。五是发展生态农业必须适应我国农村基本经营制度。六是发展生态农业必须适应我国不同区域农业发展的需要。
“四个注重”：一是注重生产生活生态，促进协调发展。二是注重资源循环利用，实现环境友好。三是注重资源节约，推进清洁能源生产。四是注重功能拓展，延伸产业链条，实现资源有效配置、废弃物资源化利用和污染物最少排放。
