种质资源是现代育种的物质基础，一旦破坏将给农业、林业造成无法挽回的损失。近年来，一些地方在城镇扩展过程中，随意占用种质资源库、保护区或保护地的现象比较突出。为此，草案规定，占用种质资源库、保护区或保护地的，需经原设立机关同意。与外国开展合作研究利用种质资源的，应当经国务院农业、林业行政主管部门批准。
品种审定制度是我国品种管理的重要制度，实行多年来对我国良种推广发挥了积极作用。但目前需要审定的品种过多，审定通道狭窄，审定过程不规范。为此，草案减少了主要农作物审定品种的种类，由目前的28种减少为水稻、小麦、玉米、棉花、大豆共5种。建立品种审定绿色通道，符合法定条件的种子企业自主研发的品种需要审定的，可依照审定办法自行完成试验。同时，建立品种退出制度，经审定的农作物品种和林木品种出现不可克服的严重缺陷不宜继续经营推广的，由原公告部门发布公告，停止经营、推广。
近年来，我国蔬菜、果树和花卉等经济作物已成为农业和农村经济的支柱产业，但却长期处于缺乏管理的状态。由于上述品种直接关系人身健康和公共安全，草案规定，建立非主要农作物品种登记制度，列入登记目录的品种在推广前应当申请登记并公告，作为进入市场经营、推广的依据。
此外，为回应消费者对于转基因产品安全性的关切，草案规定，转基因植物品种的选育、试验、审定和推广应当进行安全性评价，采取严格的安全控制措施，国务院农业、林业行政主管部门应当加强跟踪监管并及时公告有关转基因植物品种审定和推广的信息。
