最后是改革乡镇财政的管理方式。从目前来看，许多乡镇财政相当困难，与之相随的是混乱财政管理制度。乡镇因缺乏必要的财政监督机制，支出也缺乏预算约束，所以财政资金使用随意性很强，这也是造成基层财政困境重要原因。对乡镇财政的管理方式，目前可探索三种体制模式：(1)比较规范的乡镇公共财政体制。这种模式主要在经济比较发达、财政收入规模大、财政增长能够满足自身支出需要的乡镇实施。(2)分税制基础上收支包干型乡镇财政体制。这种模式主要在经济状况较好、财政有一定规模、收支差额不大的乡镇实施。(3)乡财县代管财政体制。对经济欠发达、财政收入规模较小的乡镇，可比照国库集中收付的管理办法，其财政收入直接上缴县国库，财政支出由县财政统筹安排，以保障其合理的支出需要，避免乡镇为满足支出的需要直接向农民伸手的现象。对大部分县乡财政的管理方式，还是应该按照中央精神，积极推进"省直管县"和"乡财乡用县管"的改革。
2、深化乡镇机构改革
随着税费改革的推进，乡镇机构改革成为中国农村改革的又一个焦点。对乡镇机构改革，学者有不同的观点。有学者认为取消乡镇政府，将乡镇政府变为县级政府的派出机构；也有学者认为实行乡镇自治。不管改革的方向是什么，但有一个问题是必须要面对的，那就是目前乡镇机构林立、人满为患的状况。税费改革前我国约有4.8万个乡镇政府，各类工作人员约有200--300人，据不完全统计，乡镇一级需要农民养活的人员约1316.2万人，平均每68个农民就要养活一名干部，因机构臃肿给农民造成40%左右的额外负担。所以要巩固税费改革的成果，则必须推进乡镇机构改革。
首先是对原有乡镇进行撤并，改革乡镇机构。原有乡镇规模过小，而财政供养人员并不因乡镇规模过小而有所缩减，可谓是麻雀虽小，五脏俱全。人员过多的结果必然是导致国家行政成本的加大。在原有体制下，为解决成本问题，只能以各种名义来乱收费、乱集资和乱摊派。要减少国家行政治理的成本，杜绝三乱，保护农民利益，合并乡镇、改革乡镇机构不失为一种好的选择。如广东省提出全省整合乡镇的比例要达到15%以上，同时广东省还要求撤销不符合规定设置的机构，按转变政府职能的要求核定镇级人员编制，并于2003年6月30日，冻结镇级人员编制，对超编人员和不符合规定进入镇级编制的人员，要坚决清退。将过多过散的事业单位进行合并，鼓励条件成熟的镇级事业单位企业化，走向市场。
其次是明确乡镇政府职能，改变治理方式。根据《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》第61条规定，乡、民族乡、镇的人民政府行使下列职权：（二）执行本行政区域内的经济和社会发展计划、预算，管理本行政区域内的经济、教育、科学、文化、卫生、体育事业和财政、民政、公安、司法行政、计划生育等行政工作；也就是说乡镇政府职能涵盖了农村生活的各个方面。但实际上，乡镇政府无力实现上述职能。要实现这些方面，一个重要的条件就是大幅度提高工作人员的数量，这又要回到税费改革前乡镇发展老路上去。对此，我们要明确乡镇政府职能，主要是协助中央政府提供部分农村公共产品，或者说这些公共产品由中央政府直接提供的话成本相对较高，它包括社会治安、地方交通、信息、计划生育等。而像义务教育、农村医疗保险、农业科技投入等则是中央政府提供范畴。如税改前的农村义务教育，由于中央经费投入较少，农村义务教育投入体制基本上是以乡为主，农村教育费附加和教育集资成为教育经费两大来源。为维系教育的正常运作，基层部门只有不停地向农民收费来办学。对义务教育经费，世界各国基本上都是由中央政府来提供的。它强调只要是适格主体，他们的权利是平等无差别的，谁也没有超越法律之上的特权，谁也不能对他人有优越的地位。同时，世界各国还通过立法规定对一定儿童免费实施某种程度的学校教育。如意大利宪法（1947年）第34条规定，"学校向一切人开门。凡年满8岁者之初级教育，为义务和免费教育"。《德意志帝国宪法》（魏玛宪法）第145条规定，"受国民小学教育为国民普通义务。就学期限，至少八学年，次为完成学校至满足18岁为止，国民小学及完成学校之授课及教育用品，完全免费"。从此可看出，发展农村义务教育既不是基层政府的职能，它也没有这个能力，而这些方面往往又是农民最为关注的事情。广东省农村税费改革调查队调查表明，农民对农村税费改革后政府职能的期望：62.1%的农户希望政府搞好农村合作医疗，减少农民看病支出；25.3%的农户希望政府严格监督教育收费，减少农民教育支出；12.6%的农户希望增加农村基础设施投入，改善农村生活、生产条件。而医疗、教育等方面我国在立法上政策上均界定为地方政府职能，中央政府投入相对较少，现在是改变的时候了。
在明确政府职能后，还须改变传统的治理方式，推进机构改革。中华人民共和国成立以后，我国受原苏联行政法的影响，推行与西方国家相对立的"管理"模式。国家机关享有广泛的管理权能，权力干预的范围覆盖了经济社会所有领域。正是由于传统的全能主义治理模式，导致基层政府机关和人员与日俱增，加大了政府治理成本。所以我们要改变这种全能主义，确立服务型的政府。乡镇政府更多是要通过改善投资环境，引进资金、技术、人才，为农民提供信息，搞好社会治安等措施来为农民服务，而不是直接介入经济发展，收费、收税上。
