1.耕地数量持续减少，粮食安全的基础受到威胁。为满足国民经济发展和人的需求的不断增长，在相当长的时期内，耕地的数量和质量都应不断提高，达到耕地的数量上和质量上的动态平衡，这样才不至于动摇粮食安全的基础。但是，从目前情况看情况不容乐观。据全国人大农业与农村委员会透露，目前中国耕地面积约为18亿亩，比1997年的19.49亿亩减少1.49亿亩，人均耕地面积由10多年前的1.58亩减少到1.28亩，不到世界平均水平的40%，可见保护耕地的压力不断增大。
保护耕地的主要挑战来源于城市和小城镇的快速膨胀和农村建设用地的扩张。此外，土地利用粗放浪费、违法违规用地十分普遍。因此，维护18亿亩耕地红线千万不能松懈！
2.国际粮食市场堪忧，影响中国粮食安全。2008年国际金融危机爆发之后曾经使得粮食价格从历史的高价摔下来，但是2011年国际粮食价格又逼近2008年“粮食危机”时的高位，引发全球市场的普遍担忧。由于国内外粮食市场的联系日益紧密，国际粮价的波动也“拷问”着中国粮食安全。
根据世界银行日前发布的数据显示，全球粮食产量增幅近几年一直低于消费量的增长，目前全球粮食储备仅相当于2000年7成多。尤其是玉米的库存消费比(粮食安全的重要指标)不断下降，到2010/2011年度已降至6.8%，远低于联合国粮农组织提出的17%至18%的安全线。
另据农业部2013年的资料显示，我国的稻谷、小麦、玉米三大主粮已连续2年出现净进口。今后一个时期，我国粮食消费需求刚性增长，确保粮食总量平衡和结构平衡的任务十分艰巨。同时，国际粮食市场风险增大。2012年，全球100多个国家遭遇不同程度旱灾，美国、欧盟、俄罗斯、印度、阿根廷等主要产粮国均出现不同程度减产，全球粮食库存下降，防范国际粮食市场波动及风险任务艰巨。
3.生态环境恶化和污染，危及中国粮食安全。目前，我国耕地面积逐步减少，另一方面，耕地的质量也在下降，最突出的问题时生态环境恶化和污染，具体表现为农业生态系统恶化、农业化学污染和工业污染物的大量排放。
首先，农业生态系统恶化对粮食安全构成威胁。我国由于沉重的人口压力，对自然资源的不合理利用，生态环境整体恶化的趋势没有得到根本改善。水土流失、土地退化、荒漠化、水体和大气污染、森林和草地生态功能退化等，已成为制约生态农业发展的主要障碍。据估计，我国遭受水土流失（水蚀和风蚀）的耕地达到4540万多公顷，大约占耕地总面积的50％。三分之一至一半的耕地缺磷，四分之一至三分之一的耕地缺钾，缺乏微量营养元素的土壤也正在增加。中科院地理科学与资源研究所研究员孙鸿烈院士指出，水土流失导致土地退化、耕地毁坏，我国因水土流失而损失的耕地平均每年约100万亩。
其次，农业化学污染和重金属污染加剧了粮食安全的担忧。农业源污染物排放对水环境的影响较大，其化学需氧量排放量为1324.09万吨，占化学需氧量排放总量的43.7%。农业源也是总氮、总磷排放的主要来源，其排放量分别为270.46万吨和28.47万吨，分别占排放总量的57.2%和67.4%。随着“镉大米”事件的曝光，人们对重金属污染的关注也达到了前所未有的热度。正是由于“镉大米”直接危及到主粮安全而成为重金属污染的一个缩影。
第三，工业污染物的大量排放也影响粮食安全。工业污染主要指废水、废气和固体废物“三废”。三废污染是导致农业生态环境恶化的重要原因，也是农业粮食减产的重要原因。据统计，我国利用污水灌溉的面积为361.84万公顷，占全国总灌溉面积的7.3%。全国COD的普查是3028.96万吨，比2007年的统计数据增加了119%。普查结果显示，淮河、海河、辽河、太湖、滇池、巢湖等水污染防治重点流域接纳主要水污染物数量大，工业污染物排放主要集中在少数行业和局部地区，污染结构性问题十分突出。
4.外资并购影响我国粮食安全。我国粮食生产和消费主要是稻米、小麦、玉米和大豆。目前，我国稻米、小麦的自给率达到90%以上，但是，玉米和大豆自给率下降，尤其是大豆自给率只有30%，而进口依存度达到70%。由于外资并购和侵蚀，我国对粮食控制力减弱，对外依存度扩大，转基因产品从长远看可能危及人民的健康。
