一是生产技术落后。与国际水溶肥企业相比，目前国内部分水溶肥企业在资金、研发、技术上都投入不足，生产设备相对简陋，不少企业仅仅是将原料简单混配。部分水溶肥厂家原料不能自产，需靠对外采购，产品质量很难保证。
二是水肥一体化配套不同步。只有灌溉施肥技术普及，才可能有水溶肥的施展空间。水肥一体化的实现，意味着整个耕作体系的深刻变化。由于技术服务力量比较弱，从业人员对灌溉技术设备不了解，不少水溶肥企业只是单纯地生产销售产品，相应的灌溉技术设备和服务跟不上，水肥一体化优势未能完全体现。
三是产品质量参差不齐。目前水溶肥市场比较混乱，假冒伪劣产品较多，影响优质产品的推广。并且国家标准没有完全统一，不利于行业的良性竞争和发展。产品配方没有根据作物的需求来配置，而是盲目追求高养分含量，从而达不到预期的效果。
四是市场无序竞争。与普通复合肥相比，水溶肥利润空间较大，市场管理还不完善，吸引了部分不良厂家以次充好，炒概念牟取暴利。产品的高售价和农户的收益不成正比，最终将影响农户购买使用水溶肥的意愿，不利于行业的健康持续发展。
