2005年，农业部制定出台《农业主导品种和主推技术推介发布办法》，之后开始每年定期向各省农业部门推荐主导粮食品种，按照农业部科教司技术推广处工作人员的说法，农业部选定推介的品种主要是看“推广面积、增产潜力和优质高产等方面”，“先玉335”在2010年就上升至全国玉米种子销售量的第二位，但之后连续两年都没进入农业部推荐的主导品种之列。
去年农业部公布推荐的玉米主导品种之后，业内对“先玉335”没有入选曾有多种说法，有的认为可能是因为社会上一直盛传“先玉335”是转基因品种，有的认为“可能因为‘先玉335’是涉外品种”，而农业部科教司技术推广处工作人员则表示，“先玉335”落选“有一些特别的原因”，具体是何种“特别原因”，“涉及具体工作层面，不方便透露”。
对于“先玉335”涉嫌是转基因品种的质疑，去年农业部联合多部委深入多省调查，最后证实“先玉335”并非转基因品种，有种业专家表示，“先玉335”为农民增产增收又受农民欢迎，为什么农业部不予推介？如果是因为“先玉335”是“涉外品种”，为什么今年农业部推介的玉米品种也有外国公司培育的“正大619”？这就难免就又回到去年业界热议的先玉335是“虫子不吃”，导致很多地方“鸡不下蛋”、“母猪流产”的老问题上了。
前述种业专家还表示，在农业部今年主推的28个玉米品种中，北京市农林科学院玉米研究中心选育的品种就占了3个，他举例说，像北京市农林科学院玉米研究中心选育的“京科968”，目前并有什么大面积推广的依据，他质疑其中“另有隐情”。
