农业部要求：对口蹄疫，按照“分型控制、因地制宜、分区防治”的原则，对于A型和亚洲I型口蹄疫，采取全国同步控制和消灭策略，最终达到全国免疫无疫和非免疫无疫的目标。对于O型口蹄疫，在防疫基础条件较好的地区率先建设免疫无疫或非免疫无疫区域，最终达到全国部分地区免疫无疫或非免疫无疫，大部分地区达到稳定控制目标。
对高致病性禽流感，基于流行率和病毒变异的动态变化，适时科学地优化强制免疫、免疫扑杀并举、监测清群等策略措施。定期评估家禽卫生状况，及时调整免疫、监测、扑杀、检疫监管等防治技术和策略。
对布鲁氏菌病，坚持人畜同步防治、联防联控、分区防治、分类指导的原则，稳步推进定期检测、分区免疫、移动控制、强制扑杀等综合防治措施。按照畜间和人间疫病发生和流行程度，将全国划分为一类地区、二类地区和净化区三个区域，整片同步推进，严格控制活畜从高风险地区向低风险地区流通。逐步压缩一类、二类地区范围，不断扩大净化区范围，最终实现全国性非免疫无疫。
《规划》还提出了发展要求：到2020年，要形成与全面建成小康社会相适应，有效保障养殖业生产安全、动物产品质量安全和公共卫生安全的动物疫病综合防治能力。生猪、家禽、牛、羊发病率分别下降到5%、6%、4%、3%以下，动物发病率、死亡率和公共卫生风险显著降低。口蹄疫、高致病性禽流感等16种优先防治的国内动物疫病达到《规划》设定的考核标准。
