中国尿素出口增值税退税始于税制改革的1994年，直至2004年3月15日停止退税。1994年1月1日起，《增值税暂行条例》实施，国内生产销售尿素产品由产品税改按13%低税率征收增值税。同时，与其他化工产品一样，出口尿素实行增值税零税率，即退还国内生产销售环节实际负担的增值税（13%退税率）。1995年7月1日起，在其他商品普调过程中，尿素出口增值税退税率下调至10%；1996年1月1日起，再次下调至6%。尽管有出口退税政策，但当时中国是尿素净进口国，只有在国内销售淡季部分沿海工厂少量出口。1994-1996年度，全国尿素年度出口量分别为5.6万吨、4.7万吨和19.7万吨。
1999年至2003年，在出口退税政策的促进下，中国尿素出口迅速增加。亚洲金融危机后，为了促进出口，国家又多次上调出口商品的退税率，尿素出口退税率又分别于1999年1月1日和1999年7月1日起上调至9%和13%。1999年7月1日至2003年年底，这四年半的时间内，尿素出口13%全额退税。再加上国内生产环节增值税2001年度先征后返、2002年度先征后返50%的叠加效应，中国尿素出口竞争增强，出口量快速增加。2001年度中国尿素出口首超百万吨大关，达127.1万吨；2003年度出口量达273.0万吨。
2004年起，将“三农”工作列为“重中之重”新一届党中央和国务院，把农业生产资料的国内供应和价格调控作为保障三农利益的一种措施，尿素的出口政策从此进入了限制出口的新阶段。加入了WTO后，中国外贸出口快速增长，全额退税也成了财政支出的一大负担。2003年底，国家启动出口退税制度改革，整体降低了出口退税率水平，实行了部分退税代替全额退税、增设不予退税品种等结构性调整。2004年1月1日起，尿素出口由13%全额退税调低为11%退税率；2004年3月16日起，尿素出口退税暂停一年，这也是唯一一次在国务院文件直接明确尿素产品出口退税政策。由于国际尿素市场价格较高，暂停退税虽然相应降低了竞争力，但2004年度中国尿素出口量仍创历史纪录，全年出口394.3万吨。随后，尿素暂停退税逐年顺延至今，成了长期不予退税的货物。
根据财政部、国家税务总局《关于出口货物退（免）税若干具体问题的通知》（财税[2004]116号），已经明确出口不予退税的货物，视同国内销售征收增值税。2004年3月16日当时的尿素国内销售增值税政策是：尿素生产企业生产销售尿素是先征后返50%政策，取消退税后再出口的尿素13%征税后再按实际税负的一半返还生产企业；而贸易企业批发、零售尿素按财政部、国家税务总局《关于农业生产资料征免增值税政策的通知》（财税[2001]113号）规定免征增值税，取消退税后再出口尿素的贸易企业也视同国内批发免征增值税（同时从生产企业取得的进项税不得抵扣，直接计入成本）。
2005年7月起，由于尿素国内销售变为免税，出口尿素按税法规定也免征增值税。经国务院同意，2005年5月23日财政部、国家税务总局发布《关于暂免征收尿素产品增值税的通知》（财税[2005]87号），自2005年7月1日起，对国内企业生产销售的尿素产品增值税由先征后返50%调整为暂免征收增值税。此时再出口尿素产品，不管是生产企业还是贸易企业均执行视同内销的免征增值税政策。
2014年国家有关部门开始酝酿化肥行业增值税改革。若恢复征收增值税的政策得以通过并实施，根据《增值税暂行条例》所有化肥产品（除已经列入民爆用品管理的硝酸铵）适用13%低税率，尿素出口也视同内销按13%税率征收增值税。同时，尿素生产企业购时煤炭、电力、天然气、包装袋等所支付的价款中对应的增值税进项税额可以抵扣，另外企业支付的动产设备、原料及成品的运输费用也可以按增值税专用发票注明的税额作为进项抵扣。从一般纳税人购进的煤炭、电力、包装、动产设备对应的增值税税率为17%，天然气税率为13%，营改增后的运输费用为11%。以煤炭和运费为例，免税时计入成本的585元/吨和111元，征税后分别扣除进项85元/吨和11元，计入成本时分别为500元/吨和100元。所以，从财务成本角度讲，同样毛利情况下，恢复征收增值税尿素产品的生产成本是下降的，含税售价会小幅上升。
但是，按照增值税征管原理，自恢复征收之日起再销售（含出口）的尿素产品，就要按收到的总价款分按100：13分出销售价款和增值税额。但是，恢复日之后再购进的原材料、运输服务等才可以抵扣，而之前购进的存货并不能抵扣。所以，企业持有的恢复日之前的存货销售对应的增值税会增加企业负担。根据财政部、国家税务总局《关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》（财税[2012]39号），一般纳税人出口不予退税的货物销项税额公式计算为：
销项税额=出口货物离岸价÷（1+适用税率）×适用税率
2015年1月1日起若恢复征收13%增值税，出口关税和出口环节增值税均成了FOB的价内税。企业不仅要从FOB价中内扣出80元/吨的关税上交给海关，还要将出口销项税额与可抵扣的进项税额之差交给国家税务局。对于企业之前购入的尿素存货来说，则承担了更不合理的过重税负。由于没有进项抵扣，恢复征收增值税前购进用于出口的尿素存货，每吨则要增加300元左右的税负。
