小麦病虫害预计发生面积10亿亩次，病害4.6亿亩次，虫害5.4亿亩次，全国约80%的冬小麦安全生产将受到威胁。其中，蚜虫偏重至大发生，白粉病、纹枯病、条锈病、吸浆虫和粘虫在部分地区偏重发生，赤霉病在长江中下游和黄淮麦区流行风险较高。预计赤霉病发生面积8000万亩。条锈病发生面积3000万亩。纹枯病发生面积1.37亿亩。叶锈病发生面积3700万亩。蚜虫发生面积2.5亿亩。麦蜘蛛发生面积9200万亩。一代粘虫在江淮和黄淮南部麦区呈上升势头，发生面积超过1000万亩。金针虫、蛴螬、蝼蛄等地下害虫发生面积7000万亩。
预计2013年水稻病虫害将呈偏重发生态势，发生面积15.2亿亩次，将对3.5亿亩水稻生产构成威胁。其中，虫害以稻飞虱、稻纵卷叶螟和二化螟为主，发生面积10.5亿亩次；病害以为纹枯病、稻瘟病、稻曲病、病毒病为主，发生面积4.7亿亩。稻飞虱在南方大部稻区大发生，发生面积4亿亩次；稻纵卷叶螟在华南、江南、西南东部和长江中下游稻区偏重发生，其他稻区中等发生，发生面积2.8亿亩次；二化螟在长江中游、西南中北部、江南西部稻区偏重发生，其他稻区中等发生，发生面积2.1亿亩次；三化螟在华南稻区中等发生，其他稻区偏轻发生，发生面积3000万亩次；灰飞虱、大螟、稻苞虫等其他虫害在部分稻区有一定程度发生，发生面积1.3亿亩次。稻纹枯病在全国大部稻区偏重发生，发生面积2.8亿亩；稻瘟病在西南、华南、江南、长江中游和东北大部的常发区将中等至偏重流行，如遇适宜气候条件，部分感病品种存在暴发流行的可能，发生面积8000万亩次；稻曲病在全国稻区有加重趋势，总体中等发生，发生面积5200万亩；华南、江南和西南部分稻区南方水稻黑条矮缩病，江淮、长江下游稻区水稻条纹叶枯病、水稻黑条矮缩病等水稻病毒病仍有潜在流行的风险，发生面积2000万亩；水稻白叶枯病、水稻恶苗病、水稻赤枯病等其他病害在部分稻区有一定程度发生，发生面积4000万亩。
2013年全国玉米病虫害总体偏重发生，明显重于常年，预计发生面积11.3亿亩次，虫害发生8.3亿亩次，病害发生3.0亿亩次；将影响全国约3亿亩玉米的安全生长。其中，玉米螟、大斑病在东北、华北偏重发生，局部大发生；二、三代粘虫在东北、华北和黄淮等地中等以上发生的可能性较大；二点委夜蛾在黄淮海中等发生，局部偏重发生。
