此外，由于配方肥具有的多配方、小规模、区域性等特点，一些大企业在参与测土配方施肥过程中，需要根据配方要求不断调整生产工艺，不断更换产品包装，不可避免地带来生产成本的增加，为此，农业主管部门应该增强服务意识，简化登记手续，加快审批速度，积极为配方肥企业提供便利条件。在抓好项目实施的同时，政府还可以发挥项目示范带动作用，推进测土配方工作良性发展。
农业部测土配方施肥专家组组长张福锁教授：我国的测土配方施肥项目起步于2005年，7年间走过了由试点到巩固再到普及的发展历程，7年来，中央财政累计投入57亿元，项目县（场、单位）达到2498个，基本覆盖全国所有县级农业行政区。现在，我们面临的主要问题是如何把专家的纸上配方变成农民地里的配方肥，这个问题伴随着测土配方施肥工作转入一个新的发展阶段，可以说，挑战是与机遇并存。企业有能力也应该作为大面积应用配方肥的关键力量和有效手段，已经有越来越多的大中型企业注意到这一点。
现阶段测土配方施肥推广对政府的扶持和引导提出了更高要求，有了好的配方远远不够，对接过程不能做表面文章，要关心企业能不能生产、农民会不会用肥、肥料效果好不好等，实际操作要听从专家指导，以农民利益为根本出发点，不能只靠肥料经销商和市场利润为导向。
山东金正大生态工程股份有限公司企划部经理高海波：测土配方施肥是农业部大力推广的科学施肥新技术。为使这项技术切实惠及广大农户，农业部在全国开展了农企对接服务工作。作为全国配方肥推广试点企业，2012年金正大公司赠送1000台种肥同播机给全国的100个县10000个村的种植大户，在全国范围内开展大规模的配方肥推广活动。
测土配方施肥需要企业由“测土到田、配方到厂、供肥到户”向“施肥到田”延伸，实现技术推广“一步到位”；改进农化服务体制，让肥料企业、基层经销商、农民专业合作社等组建农化服务队，面向社会开展化肥统施服务；改变过去那种“大水大肥”和“撒施表施”的落后的施肥习惯。这不但需要一个漫长的过程，更是一个公益性的工作。
