而以中国农业大学、山东农业大学、中科院沈阳生态研究所、中国农业科学院等为代表的科研院所肩负的是以应用需求为导向的基础研究工作。
以缓控释肥产业化技术集成与示范课题为例，据课题负责人、山东金正大公司副总经理陈宏坤介绍，课题分为四个研究团队，各团队分工明确。
缓控释肥产业化技术集成研究以山东金正大公司和北京首创公司为主；缓控释肥新材料和新产品制备技术方面的研究，主要是中国农业大学的团队；缓控释肥高效利用技术研究及示范，依托的是山东农科院；专用生物肥研究与示范，由西北农林科技大学承担。 陈宏坤还补充到，该项目是由产业技术创新战略联盟的形式组织实施的，联盟集结了行业内最为优秀的企业与科研机构，通过建立协同创新机制，整合发挥各方优势资源，避免资源浪费，从而促进科研项目的顺利开展。
在负责“有机（类）肥料生产关键技术研究集成与产业化示范”课题的江苏新天地生物肥料工程中心有限公司杨兴明看来，可持续植物生产需要肥沃的土壤、可持续动物生产需解决排泄物出路，而传统的有机肥如今成了固体有机废弃物，随地弃置。
他们课题组目前正在做的事情，是希望将我国每年大量产生的固体有机废弃物转变成能显著改善土壤肥力、克服土传病害、促进植物生长的有机类肥料。同样，负责“缓控释肥关键共性技术研究与提升”的山东农业大学教授张民正在思考的是，下一步如何把生物有机肥料和缓控释肥料有机结合起来。
应用推广项目组在“十一五”试验研究的基础上，进一步加大了应用推广的力度。
对于这一“农业科技最后一公里”的问题，中国农业科学院、12省农科院、山东农大、浙江大学结合“十二五”国家科技支撑项目开展缓控释肥田间应用效果的试验研究，共涉及113个县、500个田间试验。
试验结果显示，缓控释肥能够提高氮肥利用率平均约24%，作物增产8%~15%。
针对过度施肥导致的太湖、巢湖以及长江、黄河流域水源污染的问题。金正大还联合中国科学院南京土壤研究所在太湖流域开展了缓控释肥的应用研究工作，围绕控释尿素对温室气体排放、控释尿素对氨挥发、氮淋溶损失和地表径流损失等方面的影响。
3年来的研究表明，在减少氮肥施用量的情况下，缓控释肥可减少18%~34%氨挥发，径流氮可减少6%~17%。
为解决农业科技成果推广难的问题，“种肥同播”技术亦正在全国范围内推进。
据陈宏坤介绍，金正大公司将缓控释肥应用技术研究和实践，结合农业机械化，开展了缓控释肥机械定位施肥技术研究，并大力示范推广“种肥同播”技术。
据测算，这项技术每亩可为农民增产10%~15%左右，平均每亩给农民带来200元收益，至今“种肥同播”技术已累计推广500万亩，直接为农民创造经济效益近10亿元。
背景链接缓控释肥，是指通过各种调控机制使其养分最初缓慢释放，延长作物对其有效养分吸收利用的有效期，使其养分按照设定的释放率和释放期缓慢或控制释放的肥料。
这种肥料具有提高化肥利用率、减少使用量与施肥次数、降低生产成本、减少环境污染、提高农作物产品品质等优点，突出特点是其释放率和释放期与作物生长规律有机结合，从而使肥料养分有效利用率提高30%以上。
由于缓控释肥具有减少施肥量、节约化肥生产原料（煤、电、天然气）、提高肥料利用率、减少生态环境污染等优点，因此被称为“21世纪高科技环保肥料”，成为肥料产业的发展方向。
有机肥则俗称为农家肥，是指将含有大量生物物质、动植物残体、排泄物、生物废物等物质经过一定时期发酵腐熟后形成的缓效肥料。有机肥中不仅含有植物必需的大量元素、微量元素，还含有丰富的有机养分。这不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。
