注意合理施用：要根据生物肥料的特点并严格按说明书要求施用，尤其涉及喷施浓度、作业器具、施用时间等问题时，必须严格操作规程。
注意与其他药、肥分施：生物肥料一般为酸性，并且在其微生物大量繁殖前群体弱小，易被杀伤或杀死，尤其在施用杀菌药物、化学肥料时，如同时施入，则两败俱伤，在没有弄清其它药、肥的性质以前，最好将生物肥料单独施用。注意施用的连续性：除基肥外，喷施生物肥时，效果在数日内即较明显，此后能延续十几至几十天，随着微生物的长期暴露，尤其是高温条件的不适等，微生物群体衰退很快，因此，应予及时补施。
