在政策的扶持下，有机肥企业如雨后春笋般生根发芽，在20年后的今天有机肥厂家数量已经达到一个较高的水平，但俗语说的好“龙生九子，各有不同”，有机肥行业的规范度并不算太高，行业发展度良莠不齐，虽有机肥可改良土壤，下游市场接受情况也不近相同。
目前有机肥行业尚存的利空因素：一方面是注重农产品质量或者经济附加值较高的种植户，倾向于品牌好、质量过硬的有机肥产品，往往此类有机肥现行价格较高，多在800元/吨以上，但因运距较远和许多人对有机肥的认识度还不够深入，也不能够合理的运用有机肥，加之有机肥行业内部竞争力度较大，价格战在所难免；另一方面低端用户对于有机肥的意向价格多在300-500元/吨，虽该产品走低端路线，但因农家肥料对于该价位的产品冲击力度较大，下游市场接受程度仍不算太高。
鉴于当前我国化肥利用率低下和农业面污染严重，近期农业部表示将在全国范围内实施化肥使用量零增长行动，力争在2020年前主要农作物化肥使用量实现零增长。从长远看来，有机肥作为调节土壤、改良有机质的一种肥料，后期潜在市场需求量应很可观，但若令有机肥普及发展，还需要改善以下几方面的问题：
首先，提高有机肥在下游市场的认知度。在多数农村地区，传统思想认为有机肥和农家肥基本是一样的，这间接制约了有机肥的市场流通。虽农家肥可拥有部分有机肥功效，但正规有机肥的肥效并不是农家肥所能替代的，其肥力的利用率更高。若可提高相关的认知度，后期有机肥的需求将有明显上升。
其次，行业标准度应需统一且提高，目前国内有机肥种类繁多，质量良莠不齐，广告肥、概念肥等肥料混杂市场，令基层农户的选择面临困难。若像传统肥料执行统一标准，这样不仅有利于下游市场需求的增加，还可以使企业收获更多的利润。
最后，提高产品的售后服务，在行业竞争力逐渐加深的今天，单纯的质量优秀并不代表该产品就可在行业中达成令人满意的收货。在做产品推广时售后服务和做技术指导同时进行，可以令客户的接受程度进一步增高。
综合考虑，在国家大力的倡导之下，有机肥的后期市场需求潜在量较大，但作为朝阳产业，在开拓市场的同时，质量和服务亦应当有相应的提高。发展壮大后，有机肥真正打开出口市场也不无可能。
