检查内容有：一是检查市场情况。检查各地种子市场经营门店的种子经营档案、相关合同或委托书、经营品种的来源，检查种子包装、标签的合法性；对集中交易大市场，还要联合工商部门查清各摊位的注册所在地。二是进村入户倒查。选择种子直销入户比例较大的区域，深入开展进村入户倒查。倒查主要内容为：种子来源、购销发票或凭证、经销商名称及联系方式，以及品种是否审定和种子包装、标签的合法性。三是抽检种子样品。重点抽查玉米种子和水稻种子样品，开展质量和品种真实性等指标检测。农业部将从吉林省种子市场抽查的样品中抽取30%以上的样品，进行品种真实性SSR分子检测和纯度田间鉴定。
与此同时，吉林省种子管理部门还将开展市场质量抽检，抽检的对象是辖区内经营的玉米、水稻品种样品。抽查范围是辖区内冬季企业监督抽查未抽到样品的企业；冬季企业监督抽查没有抽到的品种；辖区内种子经营门店经营的品种。重点抽查怀疑是侵权套牌或社会上有不良反映的品种。
吉林省种子管理总站还将派出督导组，对各地春季种子市场专项检查行动进行督导，对各地的重点种子市场进行检查，重点检查是否存在制假售假、未审先推等问题。
